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सेवारत प्रशिक्षण प्रदान करने का उद्देश्य विभिन्न राष्ट्रीय स्वास्थ्य कार्यक्रमों के प्रभावकारी कार्यान्वयन के लिए स्वास्थ्य व्यावसायिक के ज्ञान और कौशलों को सशक्त बनाना है। जब भी केंद्रीय मंत्रालयों द्वारा स्वास्थ्य की आवश्यकताओं के अनुसार नीतिगत निर्णय लिए जाते हैं और उभरते स्वास्थ्य मुद्दों के नियंत्रण एवं रोकथाम के लिए बदलावों की अनुशंसा की जाती है, तब राज्य एवं जिला स्तरीय अधिकारियों को कथित मुद्दों से निपटने के लिए प्रशिक्षित किए जाने की आवश्यकता होती है। अत:, स्वास्थ्य कार्मिकों की विभन्न श्रेणियों के लिए अनेक प्रशिक्षण कार्यक्रमों को डिजाइन किया गया है।
संस्थान द्वारा गत समय में आयोजित निम्नलिखित प्रशिक्षण कार्यक्रम